Деревня Устье основывалось как выселки первого русского города в Арктике и впервые упоминается в переписных книгах 1574 года как одно из угодий пустозерских жителей, где имелось пять сараев. В 1831–1841 годах в деревне располагалось волостное правление Пустозерской волости.
Основные занятия жителей всегда был промысел: рыболовство и содержание скота.
С 1960-х годов деревня попала в категорию "неперспективных".
Часть деревни, где находится дом Сумароковых (дом Терентьевой), амбары Хайминой и Нечаевой, баня И. Н. Попова, обетный крест, сруб пустозерской церкви Преображения - территория Пустозерского музея-заповедника.
Согласно региональной программе «Создание музейно-туристического комплекса „Пустозерье“» здесь в 2011–2015 годах должен был появиться реконструированный деревянный острог с башнями образца XVI века, дом воеводы, съезжая изба и проведена реконструкция дома жителя Пустозерска XIX века. Но, видимо, что-то пошло не так, и этот комплекс так и не доделали.
К нам вышел местный житель, который родился в этой деревне, а сейчас подрабатывает охранником этого комплекса. Рассказал о том, как здесь жили и как все пришло в упадок.
Работа сейчас есть только на дизельной станции, которая обеспечивает электричеством эту деревню.
Сейчас в деревне осталось 22 человека. Кто-то живет на пенсию, кто-то на пособие по безработице, кому-то помогают родственники. В некоторые дома еще приезжают летом как на дачу, но большая часть просто заброшены, но все выглядит более менее прилично, т. к. от цивилизации далеко и сюда мародеры просто не доезжают.