Эти же способы касаются всех украинцев из обменного списка, в отношении которых приговоры вынесены и вступили в силу (например, Александра Кольченко). Для находящихся под следствием ситуация немного иная (и юридически сложнее).
1. Экстрадиция для отбывания наказания по приговору российского суда (Северокавказского окружного военного суда) в страну гражданства. В этом случае по международной практике власти принимающей страны обычно дают гарантии, что переданное лицо продолжит отбывать наказание. Но можно и без таких гарантий обойтись. Россия сама так получала осужденных в Катаре за убийство Яндарбиева, а потом ФСИН случайно отчиталась, что они в учреждениях системы исполнения наказаний не значатся. Катар обиделся, но ненадолго.
2. Указ президента России о помиловании. Обычно это длительная процедура, предполагающая подачу прошения и прохождение инстанций (сначала администрация исправительного учреждения, затем региональное управление ФСИН, потом комиссия по вопросам помилования субъекта РФ, затем губернатор и только потом президент). Но на практике и по Конституции с УК РФ помилование - волеизъявление главы государства, его полная свобода усмотрения. Именно таким способом были освобождены Михаил Ходорковский, Надежда Савченко и Геннадий Афанасьев (из группы Сенцова).
3. Решением Верховного суда РФ о пересмотре приговора, например, в части квалификации, сроков и размеров наказания. Например, таким способом на свободу вышел бывший глава "МЕНАТЕП" Платон Лебедев (друг Михаила Ходорковского). Для такого пересмотра достаточно обращения прокурора. Карточка дела Сенцова/Кольченко на сайте Верховного суда РФ есть, но последние события относятся к 2017 году.
На мой взгляд, наиболее вероятен второй вариант. Тем более он уже использовался с Савченко и Афанасьевым. Его минус в том, что он неприменим к украинцам, находящимся под следствием.