На особом положении

В алфавите есть лишь одна буква, обозначающая гласный, которая никогда не встречается в начале слова, — Ы. Почему ей не досталось первого места? Представители двух отечественных фонологических школ — московской и ленинградской — расходятся в объяснении. По мнению «москвичей», Ы является аллофоном (вариантом звучания) фонемы [и], а значит, не может начинать слово, так как в начале должен стоять основной вариант звука. «Ленинградцы» считают, что [ы] представляет собой отдельную фонему. В пользу их точки зрения говорит тот факт, что несколько слов, начинающихся с Ы, всетаки существуют, например имена собственные: якутская река Ыгыатта, село Ынырга в Горном Алтае... Последователи московской школы отвечают, что такие слова являются заимствованиями, а потому их нельзя учитывать. В чем фонологи единодушны, так это в том, что звук [] (в международной транскрипции изображает звук, обозначающий на письме Ы) появляется только после твердых согласных, а после мягких и в начале слова идет И [i]. Сравните: «мышка» и «мишка» — звучание различается лишь мягкостью и твердостью М. Теоретически [i] и [] могли бы обозначаться одной И. Но тогда пришлось бы на письме помечать качество звучания согласного каким-то другим способом, иначе отличить большого хищного животного от мелкого грызуна было бы невозможно. 
 

Смена позиции

Есть в русском языке несколько согласных, имеющих с Ы особые отношения. Одним из доказательств этих отношений выступает знаменитое школьное правило «ЖИ, ШИ пиши с буквой И». Когда-то Ж и Ш были только мягкими и выступали в паре с гласным [i], обозначаемым И (а также в старом алфавите I). Но к XIV веку Ж и Ш отвердели, и теперь, наоборот, после них звучит [], а вот написание осталось традиционным — через И. Чуть позже, примерно к XVI веку, та же метаморфоза произошла и с согласным [ц], но не настолько последовательно — во многих диалектах русского языка до сих пор существует [ц’] (мягкое Ц). По этому написание Ц с Ы допускается, но по сложным правилам. Из-за этого в школе приходится заучивать особый специальный список слов с ЦЫ в корне («цыган подошел к цыпленку на цыпочках... »). Развитие заднеязычных согласных Г, К, Х шло в диаметрально противоположную сторону — от твердости к мягкости, и от этого зависела судьба их сочетаний с Ы. Сейчас встретить написание ГЫ, КЫ, ХЫ можно разве что в заимствованных словах, именах собственных и звукоподражаниях. А в древности эти согласные обозначали только твердые звуки, и после них Ы писали всегда. Например, супругу князя звали «княгыня» (а еще раньше «кнгыни»). Со временем задне язычные получили позиционную мягкость, то есть могут теперь обозначать как мягкие, так и твердые согласные (сравните: «гиена», «гитара», но «говор», «гарь»). Запрет на сочетания ГИ, КИ, ХИ был снят, то есть Ы последовательно перешло в И. «Княгыня» стала «княгиней», «гыбель» превратилась в «гибель», «хытрый» стали писать как «хитрый». 
 

Позднее слияние

Ы — относительно новая буква в нашем алфавите. В греческой азбуке, из которой мы получили большую часть букв, она отсутствует, равно как и в самых древних кириллических текстах. С этим связан факт, что она не имеет числового значения. Практически каждая буква кириллической азбуки, кроме звука, обозначала какое-нибудь число. А вот Ы нет. Это неудивительно, ведь почти до XIV века Ы не имела собственного начертания. Она записывалась как Ь (ерь) или Ъ (ер) с приписанной буквой I (или И, встречаются все четыре варианта их сочетаний) и называлась «еры» (ер + и). Слитное написание, то есть полноценный статус буквы, Ы приобретает только в более поздних текстах.