Раздраженный выступлениями Ломоносова против церкви и изданием при его содействии книги Фонтенеля синод потребовал в 1757 г. от Елизаветы «приостановить» научную деятельность Ломоносова. «Таковые соблазнительные и ругательные пашквили, — говорилось в послании, — истребить и публично сжечь, а впредь дочинить воспретить, а означенного Ломоносова для надлежащего в том увещения и исправления в синод отослать»
Ломоносов не испугался гонений со стороны синода и продолжал выступать против церкви. Ломоносов требовал «привилегий» для науки, важнейшей из которых он считал свободу научных взглядов от преследований церкви. «Духовенству к учению, правду физическую для пользы и просвещения показующему, — писал он, — не привязываться, а особливо не ругать наук в проповедях»
В 1761 г. Ломоносов написал статью в виде письма к графу Шувалову «О размножении и сохранении русского народа». В этой статье Ломоносов говорил о вреде, который наносят народу ранние браки, выступал против монашества, считая, что «монашество есть черным платьем прикрытое блудодеяние», осуждал обычаи крестить детей зимой в холодной воде, что вызывало среди детей большую смертность. «Таких упрямых попов, кои хотят насильно крестить холодной водой, — писал Ломоносов, — почитаю я палачами за тем, что желают после родин и крестин вскоре и похорон для своей корысти». В этой статье Ломоносов выступал также против постов и обжорства, установленных обрядами православной церкви, видя в них настоящее «самоубийство» для народа.