Разгром Казанского ханства и приведение к присяге представителей некоторых близлежащих к Казани волостей (сотен) Луговой стороны отнюдь не означали установления мира на этой земле. Уже в декабре 1552 года в Москву поступили сообщения, что в Черемисской земле вспыхнуло восстание местного ясачного населения. Марийцы Луговой стороны, не уплатив ясак, перебили его сборщиков, соединились с жителями Арской стороны и вместе с ними направились к Казани. Высланные навстречу им отряды казаков и стрельцов были разбиты.
Так началось восстание, с марта следующего года переросшее в мощную национально-освободительную войну. Оно растянулось на 30 с лишним лет (с перерывами) и прошло три этапа, получившие общее название - «черемисские войны”. Н.М. Карамзин отмечал народно-освободительный характер этого движения: “бунт черемисский продолжался до конца Иоанновой жизни с остервенением удивительным: не имея ни сил, ни искусства для стройных битв в поле, сии дикари свирепые, озлобленные, вероятно, жестокостию царских чиновников, резались с московскими воинами на пепле жилищ своих, в лесах и в вертепах, летом и зимою - хотели независимости (выделено мною. - К.С.) или смерти”.
Одновременно сопротивление завоеванию широко развернулось среди татарского населения в Заказанье и Прикамье (на «Побережной стороне»), охватило Арскую сторону, где проживали удмурты, татары, марийцы, перекинулось в башкирские земли. Во многих случаях повстанцы распространяли свои действия на нижегородские и муромские земли.
Весной 1553 года на усмирение восставших был направлен из Казани воевода В.И. Салтыков, но был разгромлен и потерял много воинов убитымии и попавшими в плен. После этого «луговые черемисы воевать» были направлены крупные военные силы из Москвы и других центральных городов. Карательные отряды жестоко расправлялись с местным населением, наводя ужас не только на мятежников, но и на мирных жителей, предавая всё огню и мечу.
Документальные свидетельства того времени ярко рисуют и общенародный размах национально-освободительной войны, и его переплетение с борьбой против жестоких, безудержных ясачных поборов, и жестокость карателей, граничащую с геноцидом (“воевали и жгли во всех местах”; “воевали луговую черемису, захватили 1600 именитых людей и всех умертвили” и т.п.). Царские войска, подавляя сопротивление восставших, приносили краю большое разорение.
В ходе карательных операций были перебиты многие руководители движения (по словам летописцев - “лутчие люди”), а некоторые прибыли в Казань и изъявили свою покорность завоевателям.
В этих условиях «луговой сотник” Мамич-Бердей решил предпринять своеобразный политический маневр: образовать на Луговой стороне «царство», править которым пригласил ногайского царевича Ахполбея. “А Мамич-Бердей, - сообщает летопись,- взял к себе царевича Ахполбея, а пришел к ним из Ногай и живет на Луговой стороне, а с ним пришло человек со сто ногай...” Но тот большой помощи в борьбе с московскими войсками не оказал, вскоре потерял доверие марийцев и был убит. Об этих событиях образно рассказал Андрей Курбский: ”А потом взяла было черемиса луговая царя собе с Ногайские Орды, бронящеся христианом и воююще...Потом же, егда рассмотревши, иже мало им прибыли с того царя, убиша его и сущих с ним татар, аки три ста, и главу ему отсекоша и на высокое древо взоткнули и глаголали:”Мы было взяли тебя того ради на царство, с двором твоим, да обороняеши нас; а ты и сущие с тобою не сотворил нам помощи столько, сколько волов и коров наших поел; а ныне глава твоя да царствует на высоком коле”.
Восстание Мамич-Бердея закончилось трагически. Объединившиеся русские войска и горномарийские рати перешли Волгу, до основания сожгли черемисский город на реке Меше, убили свыше 10 тысяч человек и почти под корень вырезали знатную черемисскую верхушку. Самого Мамич-Бердея горные марийцы заманили на пир, разоружили 200 человек его личной охраны и, схватив, передали в руки русских властей. В 1556 году в Москве Мамич-Бердей был казнен.
В 1556 году «на луговых людей» и вообще “на Казанские земли” были двинуты усиленные составы войск, собранные во Владимире, Муроме, Суздале, Галиче; в помощь им были дополнительно приданы полки из Устюжны, Соликамска, Вятки, Перми. Они разгромили остатки повстанческих отрядов, физически уничтожили их предводителей («казанские люди лутчие, их князи и мурзы и казаки, которые лихо делали, все извелися»).
Так в мае 1557 года первый этап национально-освободительной войны на Луговой стороне потерпел поражение, край был приведен “в конечное смирение”. «Мамич-Бердеевы дети Икака соцкий и все достальные люди государю добили челом» в Чебоксарах; «луговые люди все содиначилися и царю и государю добили челом и всею землею правду (т.е. присягу. - К.С.) дали, что им неотступными быти от царя и государя во веки и их детем и ясакы платить сполна, как их государь пожалует».
Примечательны слова Н.М. Карамзина об этих событиях: «Несколько раз земля Арская присягала и снова изменяла. Луговая же долее всех упорствовала в мятеже. Россияне пять лет не опускали меча: жгли и резали... Весною в 1557 году Иоанн в сию несчастную землю, наполненную пеплом и могилами, послал стряпчего Семена Ярцова с объявлением, что ужасы ратные миновались и что народы ее могут благоденствовать в тишине как верные подданные Белого Царя. Он милостиво принял в Москве их старейшин и дал им жалованные грамоты». А ездили к царю «от всей земли бити челом» сотники Казмир, Икака, Янтемир.
Современные исследователи (А.Г. Бахтин, С.К. Свечников) именно с этими событиями связывают дату фактического присоединения марийцев и вообще Среднего Поволжья к Русскому государству.
Но «благоденствие в тишине» продолжалось недолго. Представители царской администрации снова довели терпение населения до предела, и в Марийском крае (на сей раз, видимо, не только на Луговой, но и на Горной стороне) в 1572 году вновь вспыхнуло восстание. Не рассчитывая на победу только своими силами, его руководители обратились за помощью в Крым. Туда «приехали два черемиса Агиш и Мустафа с новокрещенным Иванчею от горных и луговых людей», просили крымского хана послать войско на Волгу, чтобы вместе вести войну против Москвы. Повстанцы были также связаны с башкирами и Сибирским ханством.
Когда в Москве стало известно об этом, в Марийский край были направлены войска из Казани, Свияжска, Чебоксар, Алатыря, Арзамаса. Но подавить волнения сразу не удалось, хотя никакой военной поддержки из Крыма не поступило. В 1574 году стали собираться новые военные силы, чтобы «на казанских людей и на черемису... иттить в поход», если “казанские люди и черемиса, которые не в послушании, государю не добьют челом”.
Мятежники, узнав, какие силы готовы двинуться против них, прислали в Муром, где располагался воевода Большого полка, своих представителей с изъявлением покорности. Но поход русских войск в Марийский край в том году все равно состоялся, и в ходе его был поставлен город Кокшайск. Это было началом осуществления широко задуманного плана планомерного административного закрепления недавно завоеванной территории посредством строительства городов-крепостей. В жалованной уставной грамоте Казанской земле царь указал: «и городы и остроги по моему цареву и великого князя Ивана Васильевича всея Руси и моих детей царевича Ивана и царевича Федора указу ставити...».
Со строительством Кокшайска военно-административный контроль над большей частью Луговой стороны был налажен. Но и при этом спокойствие оказалось непрочным и непродолжительным.
В 1581 году новое мощное народное восстание охватило весь край. И вновь на помощь местным гарнизонам были направлены войска из центра России. Одни из них отправились по Волге «в плавную» и «стояли на Волге на Козине острове». Осенью 1582 года в помощь им «воевать луговые черемисы» отправились два новых полка. В начале зимы 1582-1583 годов из Мурома «луговые черемисы воевать» было направлено большое войско в составе пяти полков. А в помощь ему были приданы три полка, собравшиеся в Нижнем Новгороде, туда же были посланы полки из Галича и Юрьевца. Иван Грозный был настолько перепуган новым “черемисским мятежом”, что пошел на унизительные условия перемирия с Швецией в бесславной Ливонской войне, чтобы перебросить освободившиеся в Прибалтике военные силы против мятежников.
Н..М. Карамзин, объясняя причины этих мер, отмечал: московскому правительству стало известно, что турецкий вассал, крымский хан «сносится с черемисскими мятежниками и готов устремиться на Россию». В связи с этими вестями и были предприняты решительные шаги по усмирению мятежного края и упрочению в нем позиций Москвы посредством постройки новых военно-опорных пунктов. В это время были основаны «в Черемисе» города-крепости Козмодемьянск, Царевококшайск, Царевосанчурск, Яранск, Уржум, Малмыж. Города с самого начала были исключительно русскими. Марийцам не разрешалось в них селиться. Более того - они должны были освобождать территорию вокруг городов в радиусе до пяти верст.
Эти события означали окончательное покорение Марийского края, установление и упрочение здесь административной власти Москвы.
Таким образом, во второй половине XVI века, после длительной вооруженной борьбы, Марийский край был включен в состав Российского государства. Это имело важные исторические последствия. Прекратились опустошительные войны между Москвой и Казанским ханством на марийских землях. Марийцы сохранили себя как этнос. Создались более благоприятные возможности для хозяйственного развития.
Но царизм с самого начала проводил по отношению к марийцам политику национально-колониального гнета. Более того, само присоединение края сопровождалось неслыханными жестокостями и бесчинствами по отношению к местному (как к мятежному, так и к мирному) населению, которые были аналогичны синхронным “подвигам” испанцев в Америке. Это вызывало естественное возмущение, сопротивление завоевателям.
«Черемисские войны» второй половины XVI века были национально-освободительным движением. Карательные экспедиции, подавляя его, руководствовались господствовавшими тогда моральными и юридическими нормами («прав тот, кто сильнее», «правда всегда на стороне победителя») и проводили по существу геноцид, «воюючи и жгучи» все на своем пути. В ходе этих событий, в результате жестокого подавления сопротивления, численность марийцев, особенно в центральной части Луговой стороны, значительно (во всяком случае не менее чем наполовину) сократилась. Это осталось незаживающей кровоточащей раной в исторической памяти народа, в его мировосприятии, фольклоре, самосознании.
Жестокость карательных экспедиций, массированное насилие, которым сопровождалось насаждение нового управления и навязывание чуждой религии, стали внедрять в массовое сознание покорившейся части марийского народа состояние покорности, духовной угнетенности, рабскую психологию униженности, собственной второсортности.
А под этим, в глубине народного сознания, сохранялась память о Болтуше, Мамич-Бердее и других героях, боровшихся и погибших за свободу.
Тогда же, со второй половины XVI века, началось бегство спасшихся от уничтожения карателями, но не покорившихся марийцев от всё усиливавшегося царского гнета и начавшейся христианизации на восток, в Закамские, Башкирские земли. Отрываясь от основной этнической массы, переселенцы положили начало формированию этнографической группы восточных мари.
Завоевание оказало сильное воздействие на самосознание, психологическое самочувствие марийцев, помешало их возможному пассионарному подъему и в дальнейшем повергло в состояние обскурации. После присоединения марийского и других народов Поволжья и Приуралья к Российскому государству их земли стали объектом русской колонизации - в первую очередь по берегам крупных и средних рек. Появились города-крепости с русским населением, окруженные также сельскими поселениями русских крестьян. Но в целом колонизационный поток как бы прошел сквозь этот многоэтничный и многоконфессиональный массив, растекаясь и устремляясь дальше в менее населенные места - по Волге в ее низовья или по Каме и ее притокам за Урал, в Сибирь. Марий Эл стал внутренней периферией России.