Заместителя начальника исправительной колонии №3 Новотроицка Евгения Матыцина заподозрили в превышении должностных полномочий с применением насилия (часть 1 и пункт «а» части 3 статьи 286 Уголовного кодекса РФ). Об этом 21 сентября сообщила пресс-служба регионального Следственного управления:

«По данным следствия, в августе 2018 года подозреваемый, явно превышая служебные полномочия, в помещении исправительного учреждения в городе Новотроицке скрыл факт дезорганизации деятельности учреждения. С января 2015-го по август 2016 года подозреваемый, действуя с рядом сотрудников колонии, превысил свои должностные полномочия путем совершения в отношении осужденных противоправных действий для дальнейшего их склонения к сотрудничеству с администрацией колонии и сокрытия недостатков в работе последней».

Следствие проверяет причастность к возможным преступлениям других сотрудников колонии №3. Меру пресечения Матыцину пока не избрали.

— В нашу бытность членами Общественной наблюдательной комиссии по Оренбургской области с 2014 по 2017 год наибольшее количество жалоб от осужденных мы получили именно из новотроицкой колонии №3, —  рассказал корреспонденту «7x7» руководитель регионального отделения Комитета против пыток Тимур Рахматулин. — Пик количества жалоб — конец лета 2016 года, но осужденные рассказывали не только о «текущих» нарушениях их прав, но и о нарушении в минувшие месяцы и годы. Жаловались осужденные в основном на избиения с целью вымогательства у них под разными предлогами денежных средств.

Рахматулин со слов осужденных рассказал, что их избивали как осужденные «отрицательной направленности» по указанию и при попустительстве руководства колонии, так и сотрудники колонии. Осужденные сообщали правозащитникам данные о лицах, которые совершили суицид. По их словам, суициды были результатом невыносимых условий и избиений:

— Мы сами неоднократно в этой колонии фотографировали осужденных, имеющих телесные повреждения — гематомы на лице и на теле, ссадины, кровоизлияние в глазное яблоко. Также у нас, как у правозащитников, вызывал глубокое удивление тот факт, что слишком уж часто у осужденных возникали переломы из-за якобы бытовых травм. Один осужденный получил аж три перелома — якобы при падении с лестницы. Пообщавшись со многими из осужденных, мы узнали, что телесные повреждения в виде переломов — результат избиений, однако путем запугивания осужденных заставляли писать не соответствующие действительности обстоятельства получения травм: «упал с лестницы», «упал со второго яруса кровати», «упал с табурета, когда вкручивал лампочку», «упал с перекладины при занятии спортом». Конечно же, все материалы мы передали в следственные органы. Хочется верить, что все они, или хотя бы часть, будут использованы для установления всех обстоятельств нарушения прав человека в колонии №3. Также отмечу, что впоследствии многие из осужденных отказывались от сообщенных правозащитникам сведений о нарушении их прав — как мы полагаем, это происходило в результате оказываемого на них колоссального давления.

В апреле 2018 года около 30 заключенных колонии №3 объявили голодовку, которая продолжалась три дня. Причина голодовки — условия содержания в колонии.

5 апреля 2017 года городской суд Новотроицка вынес приговор начальнику колонии-поселения №11 Филюсу Хусаинову и его заместителю по безопасности и оперативной работе Мурату Кумарову. Их признали виновными в совершении насильственных действий сексуального характера группой лиц по предварительному сговору и превышении должностных полномочий. Кроме того, суд счел Хусаинова виновным в злоупотреблении должностными полномочиями, а Кумарова — в получении взятки. Хусаинов получил семь лет лишения свободы, его подчиненный — пять с половиной лет, оба в колонии общего режима.

21 марта 2018 года Советский районный суд Орска вынес приговор бывшему начальнику СИЗО №2 Евгению Шнайдеру и бывшему начальнику оперативного отдела этого учреждения Виталию Симоненко. Их признали виновными в превышении должностных полномочий с применением насилия в отношении троих осужденных, один из которых, Владимир Ткачук, от полученных травм впоследствии скончался. Суд назначил Шнайдеру наказание в виде двух лет лишения свободы, Симоненко — четыре года, в колонии общего режима.

2 мая 2017 года Европейский суд по правам человека вынес решение по жалобе, поданной юристами Комитета против пыток в интересах оренбуржца Юрия Зонтова, который в 2011 году подвергся пыткам в отделе полиции №4 Оренбурга. Страсбургские судьи признали, что Россия нарушила в отношении Зонтова статью 3 Европейской конвенции, и присудили ему компенсацию в размере 45000 евро. Юристы Комитета против пыток намерены добиваться возбуждения уголовного дела по факту незаконного насилия в отношении Зонтова. 27 августа 2011 Зонтова доставили в здание отдела полиции на улице Невельской, 6, где «избивали, наносили удары резиновой дубинкой по ступням, душили целлофановым пакетом до потери сознания, заставляя признаться в краже золотой цепочки и телефона».