Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл призвал епископа Котласского и Вельского Василия (Долганова) к противостоянию сектантским движениям. В своем слове при вручении архиерейского жезла новорукоположенному архипастырю Предстоятель Русской Церкви отметил, что Котласская и Вельская епархия — «сравнительно небольшой край, с хорошим потенциалом для развития, но со своими особенностями и трудностями, одной из которых является активность сектантских движений в регионе».
«Конец прошлого столетия был ознаменован глубоким внутренним кризисом в обществе, ставшим следствием того духовного вакуума, в котором находился наш народ в XX веке, — продолжил Святейший Патриарх. — И этой пустотой, этим голодом поспешили воспользоваться различные силы. Страну буквально наводнили активисты разнообразных сект и околорелигиозных организаций, поддельным лжеумствованием соблазняя людей и уводя их с пути спасения. Особенно подверженной этой духовной болезни оказалась российская глубинка».
«Именно поэтому одной из важных задач твоего епископского служения является противостояние деструктивной деятельности тех, кто, по выражению святителя Василия Великого, „изобретает нечто <…> вопреки слову истины“ и подобно вору похищает овец из словесного стада Божия. Призывай пасомых с осторожностью и рассуждением относиться к соблазнам и веяниям времени, напоминай о том, что, как нас учит святитель Игнатий Брянчанинов, духовный разум сияет в человеке лишь верой и следованием Евангельским заповедям», — обратился Первосвятитель к епископу Василию.
Ситуация с деятельностью сект в районах Архангельской области, вошедших в состав Котласской епархии, неоднократно попадала в прессу.
Как сообщает архангельская епархия, особую активность на юге региона проявляют свидетели Иеговы, неопятидесятники, анастасийцы и адвентисты Седьмого дня. Так, в августе 2007 г. при поддержке властей поселка Октябрьский Устьянского района прошел «христианский фестиваль «Радуга», организованный местным отделением секты неопятидесятников. На фестивале шла явная вербовка новых членов с использованием методов психологического воздействия на сознание. Летом 2009 г. в том же поселке харизматическая секта «Армия Христа» (связанная с украинской сектой «Посольство Божие» Сандея Аделаджы) расклеила листовки, оскорбляющие Православную Церковь.
Свидетели Иеговы, кроме массового строительства «залов царств», отличились на юге области втягиванием в деятельность своей секты школьников. Адвентисты Седьмого дня успешно действуют в Котласе, Коряжме и поселке Октябрьский и возводят новые молельные дома по всему региону. Последователи культа «Анастасия» основали в Коношском районе экопоселение «Лепота» и регулярно проводят пропагандистские акции.
Несколько лет назад, доверительным отношением властей Котласа пользовалась китайская секта «Фалуньгун» (она же — школа оздоровления «Фалуньдафа»). Адепты деструктивного культа распространяли свои печатные и видео- материалы прямо в здании мэрии. Кроме того, членам организации на безвозмездной основе было разрешено проводить свои занятия в муниципальном Дворце культуры.
Власти Вельска в 2007 году пошли на контакт с последователями культа Саи Бабы, разрешив им провести в детском оздоровительном лагере международную конференцию. После разгоревшегося скандала сектантская акция была отменена.